南通市运输管理处成立于1984年，为南通市交通局所属的行政管理型事业单位，与南通市交通局运政稽查支队、南通市城市客运交通管理处、南通市机动车驾驶员培训管理处、南通市汽车维修行业管理处、南通市机动车技术管理处，实行六块牌子一套班子。主要负责对全市道路、水路运输(含城市公共客运、出租客运)、站场经营、机动车维修、机动车驾驶员培训等行业管理工作。
    处内设机构：九个科室、五个大队、三个运管所、两个中心。
    九个科室：人秘科、法制科、财务装备科、信息综合科、陆运管理科、水运管理科、驾驶员培训科、城市客运管理科、汽车维修科。
    五个大队：运政稽查一大队、二大队、三大队、四大队、五大队。
    三个运管所：崇川运管所、港闸运管所、开发区运管所。
    两个中心：货运配载管理中心、公路主枢纽中心。
    现有在编人员164名，其中研究生1名，本科学历45名，大专学历83名；具有高级职称的 5名，中级职称的32名，初级职称的17名。
    近几年来，我们通过加强两个文明建设，以“廉洁、求实、优质、高效”为服务宗旨，以培养和造就一支廉洁奉公、忠于职守、效率高、管理好的运管队伍为目标，有力地促进了全处各项工作不断登上新台阶。自 91年以来，我处连续被南通市委、市政府授予“文明单位” 称号。97年被交通部评为“道路运政文明单位”。98年在省厅组织的运管队伍检阅活动中我们南通组织的方队在比赛中获得了特等奖的殊荣。 2001、 2003年被省厅运管局评为运输市场管理年活动优胜单位。2002年被省交通厅评为整顿和规范全省道路运输市场秩序先进单位，分别被省厅和市局评为“水上运输安全管理年”活动先进单位。自2002以来，连续被省政府和市政府评为春运组织工作先进单位。2003年被市委、市政府表彰为防治非典型肺炎工作先进集体，被省交通厅评为江苏省交通系统“十佳”运政集体，陆运服务中心、 违章处理中心、 崇川运管所、港闸运管所、开发区运管所分别被市文明委和市交通局授予文明诚信窗口的荣誉称号。2004年获得全省运管系统综合考评第一的荣誉。